L'Union, qui succède aux Communautés, a la personnalité juridique. Le traité permet donc à l'Union d'adhérer à la Convention européenne de sauvegarde des droits de l'homme et de libertés fondamentales (article 47 TUE).

La majorité qualifiée est constituée de 72,3 % des voix des Etats membres, représentants au moins la majorité simple des États membres si la proposition émane de la Commission, ou 2/3 des États membres si la proposition n'émane pas de la Commission, et 62 % de la population de l'Union

A partir du 1er novembre 2014, la majorité qualifiée sera constituée de 55% des voix d’Etats Membres (soit environ 15 Etats) représentants au moins 65% de la population de l'Union.

63 articles relèvent de la majorité qualifiée.

La procédure de codécision concerne 43 domaines.

La procédure de "codécision" devient la "procédure législative ordinaire", et concerne  83 domaines. En devenant la procédure législative ordinaire, la procédure de codécision devient le mode de principe d'adoption des actes législatifs européens par opposition aux procédures d'exceptions. Cette procédure par défaut devient celle qui sera la plus utilisée à l'avenir.

Article 15.6.a) TUE : Un Président est élu à la majorité qualifiée pour deux ans et demi, renouvelable une fois. Il anime les travaux du CE […]. Il représente l’Union sur la scène internationale.

Aucun statut institutionnel.

Il devient une Institution, article 13.1. Désormais, ses décisions sont contrôlables par la Cour de Justice de l'Union Européenne. Il doit donc respecter la législation et les principes de l'Union comme toute autre institution. 

Le Conseil européen se réunit deux fois par semestre.

Il existe un Secrétaire général du Conseil de l'Union européenne Haut représentant pour la politique étrangère et de sécurité commune (diplomatie politique) ainsi que le commissaire chargée des relations extérieures (diplomatie économique).

Création du poste de Haut représentant. Il sera également vice-président la Commission européenne chargé de l’action extérieure: il conduit la politique étrangère et de sécurité commune de l’Union. Il présidera le Conseil "affaires étrangères".

Le rôle des parlements nationaux est à présent de veiller au respect du principe de subsidiarité. Ce mécanisme permet aux Parlements nationaux de faire échouer des propositions de la Commission.

Tout parlement national pourra indiquer pourquoi selon lui une proposition n'est pas conforme à ce principe. S'ensuit un mécanisme en deux temps: si un tiers des parlements nationaux considère qu'une proposition n'est pas conforme au principe de subsidiarité, la Commission devra réexaminer sa proposition, qu'elle pourra décider de maintenir, de modifier ou de retirer.

Si une majorité des parlements nationaux partage ces préoccupations, et que la Commission décide néanmoins de maintenir sa proposition, une procédure spécifique sera déclenchée. La Commission devra exposer ses motivations, à charge pour le Parlement européen et le Conseil de décider de poursuivre ou non la procédure législative.

(cf. Protocole sur le rôle des Parlements nationaux dans l'Union européenne )

Article 5 TCE : La Communauté agit dans les limites des compétences qui lui sont conférées et des objectifs qui lui sont assignés par le présent traité. Définition générale.

Article 2 TFUE : le nouveau texte énumère clairement la liste des domaines relevant des compétences exclusives (article 3), des compétences partagées (article 4)et des compétences d’appui (article 6).

Article 11.4 TUE: des citoyens de l'Union, au nombre d'un million au moins, ressortissant d'un nombre significatif d'Etats membres, peuvent prendre l'initiative d'inviter la commission européenne, dans le cadre de ses attributions, à soumettre une proposition appropriée sur des questions pour lesquelles ces citoyens considèrent qu'un acte juridique de l'union est nécessaire aux fin de l'application des traités…

Elle n'avait aucun caractère contraignant, les Etats membres pouvaient ne pas la respecter.

Le nouveau TFUE reconnaît la Charte des droits fondamentaux  à l'article 6 en lui donnant la même valeur juridique que les traités sans pour autant l’intégrer aux traités. Néanmoins, les Etats membres devront la respecter (sauf le Royaume unis, la Pologne et la République tchèque qui ont obtenu une dérogation).

Le TCE, légifère sur les matières relatives aux visas, asile et immigration (ex-premier pilier), tandis que la coopération judiciaire et policière en matière pénale est réservé au TUE (ex-troisième pilier).

La plupart des décisions sont prises à la majorité qualifiée, et non plus à l'unanimité. En matière de coopération judiciaire et policière, le Traité de Lisbonne intègre la coopération policière et judiciaire en matière pénale. Désormais, cette matière qui était intergouvernementale, c'est-à-dire essentiellement décider par les Etats membres, entre dans la compétence du Parlement et du Conseil via la codécision.

Il maintient cependant certaines spécificités dans ces domaines, notamment un droit d'initiative partagé entre la Commission Européenne et au moins un quart des Etats membres. Il rend possible la création d'un Parquet européen. La compétence de ce Parquet se limiterait aux infractions portant atteinte aux intérêts financiers de l'Union, mais pourrait être étendue à la lutte contre la criminalité grave ayant une dimension transfrontalière.

Le Traité de Lisbonne prévoit également le passage de l'unanimité à la majorité qualifiée au Conseil et à la codécision avec le Parlement Européen pour la plupart de ces questions

Dans le TCE, les compétences de l’Union sur l’environnement sur le plan international ne concernaient que la promotion des mesures destinées à faire face aux problèmes régionaux ou planétaires de l’environnement.

La lutte contre le changement climatique acquiert un statut prioritaire dans le nouveau traité (article 191 TFUE).

Aucune compétence directe. L'Union intervenait en matière énergétique grâce à la clause de flexibilité de l'article 308 TCE.

Selon cet article, si une action de la Communauté apparaissait nécessaire pour réaliser, dans le fonctionnement du marché commun, l’un des objets de la Communauté, sans que le traité ait prévu les pouvoirs d’action requis à cet effet, le Conseil, statuant à l’unanimité sur proposition de la Commission et après consultation du Parlement européen, prenait les dispositions appropriées.

Le Traité de Lisbonne introduit un nouvel article fondant la politique énergétique de l'Union: l'article 194 TFUE. Désormais les textes établissant le cadre de cette politique sera la procédure législative ordinaire: la codécision.

Pour la première fois, le traité prévoit une clause de sortie qui confère aux Etats membres le droit de se retirer de l'Union européenne (article 50 TUE).